Manche Theorien behaupten, das Indigo-Kinder-Phänomen beruht auf Umwelteinflüssen und damit verbundener Veränderung der DNS. Im Verdacht stehen zum Beispiel elektromagnetische Strahlung von Handys, Computern und Monitoren. Jan van Helsing geht in seinem Buch „Das Aldebaran-Projekt“ noch weiter – er glaubt, dass es sich bei den Indigo-Menschen um „wohlwollende“ Außerirdische handelt.